El exministro de Agricultura había sido condenado a 209 meses de prisión en 2014 por presunto incumplimiento de contratos y peculado en el recordado Agro Ingreso Seguro, pero salió un mes antes hacia Estados Unidos, y su captura fue en el 2016, en Miami.
En ese entonces, Andrés Felipe la condena fue en única instancia. Sin embargo, ya que en el país se conformó la sala de segunda instancia, el exministro presentó una tutela para reducir la condena que llegó hasta la Corte Suprema, quien ratificó que debe cumplir los 17 años de prisión domiciliaria, dentro de la cual tiene permiso para trabajar.
Algunas de las palabras de Andrés Felipe tras el fallo fueron: “un copy-paste de la primera sentencia, si nos atenemos a ello con respecto a la celebración de contratos y en el lleno de requisitos a todos los ministros de agricultura los van a tener que meter a la cárcel” y “si no los meten a la cárcel es porque esto iba dirigido única y exclusivamente contra mí”.